Nieuwe methode brengt eiwitten van assimilerende darmbacterie in kaart

0
573

Merel Nessen ontwikkelde een methode om te kunnen bepalen welke eiwitten de darmbacterie Escherichia coli aanmaakt om zich te kunnen aanpassen aan een verandering in het externe milieu, bijvoorbeeld een verhoging in temperatuur of het stopzetten van de zuurstof.

Het in kaart brengen van deze aanpassing leidt tot een beter begrip van het functioneren van bacteriën en kan daarmee een startpunt zijn tot het ontwikkelen van bijvoorbeeld nieuwe antibiotica.

In de ontwikkelde methode wordt een van de natuurlijke bouwstenen van eiwitten (de aminozuren) vervangen door een niet-natuurlijke variant met een label (een azide-groep). Hierdoor is het mogelijk onderscheid te maken tussen de nieuwe (met label) en oude (zonder label) eiwitten.

Met de in deze studie ontworpen scheidingsmethode kunnen nieuwe eiwitten die het label bevatten uit het complexe mengsel van het celextract worden gevist, zoals met een magneet ijzer te scheiden is van de rest van het afval. De gevangen stukjes eiwitten kunnen dan met de analysetechniek massaspectrometrie worden geïdentificeerd. Hierdoor is het mogelijk om op een tijdsschaal van enkele minuten de aanmaak van de eiwitten te volgen die nodig zijn voor Escherichia coli om zich te kunnen aanpassen aan variërende conditities.

Promotiegegevens
Promotie: Mw. M.A. Nessen/ Life Sciences
Proefschrift: Development of an enrichment method for azide-containing peptides to study proteome dynamics by mass spectrometry
Promotor: dhr. prof. dr. C.G. de Koster en dhr. prof. dr. H. Hiemstra
Locatie: Agnietenkapel, Oudezijds Voorburgwal 231, 1012 EZ Amsterdam
Datum: Vrijdag 10 december 2010, 14:00 uur
Deelname: Toegang vrij